Узнать, сколько inodes уже использовано можно с помощью команды
df -i
Но если узнать, кто занял все место - несложно, то понять, кто съел inode'ы чуть посложнее. Обычно они пропадают из-за большого количества мелких, как правило, временных файлов, которые кто-то не убрал за собой.
С определением места, где все это добро хранится, может помочь такой вот несложный скриптик:
#!/bin/bash
# count_em - count files in all subdirectories under current directory.
echo 'echo $(ls -a "$1" | wc -l) $1' >/tmp/count_em_$$
chmod 700 /tmp/count_em_$$
find . -type d -print0 | xargs -0 -n1 /tmp/count_em_$$ | sort -n
rm -f /tmp/count_em_$$
Скрипт показывает, сколько inode использованы различными папками. Анализируются папки, начиная с той, откуда был запущен скрипт. То есть для поиска по всей файловой системе нужно запускать скрипт из корня.
P.S. своровано отсюда: http://stackoverflow.com/questions/653096/howto-free-inode-usage